Z pomocą WinSCP można połączyć się z serwerem SSH (Secure Shell) za pomocą protokołu SFTP (SSH File Transfer Protocol) lub SCP (Secure Copy Protocol), przede wszystkim do maszyn z systemem UNIX. SFTP jest standardową częścią pakietu SSH-2. SCP jest standardową częścią pakietu SSH-1. Oba protokoły mogą również działać na późniejszej wersji SSH. WinSCP obsługuje SSH-1 i SSH-2. Program obsługuje również protokół FTP.
