WinSCP umożliwia wszystkie podstawowe operacje na plikach. Najważniejszymi są pobieranie plików ze zdalnego komputera oraz wysłanie ich tamże. Ponadto pozwala na zmianę nazw plików i folderów, tworzenie nowych folderów, zmienianie ich właściwości oraz tworzenie linków symbolicznych i skrótów.
Jeden z dwóch interfejsów graficznych pozwala nawet na modyfikowanie plików.
