W WinSCP przed przystąpieniem do połączenia z serwerem FTP należy takie połączenie skonfigurować. Jeśli dopiero zaczynamy pracę z FTP i jesteśmy świeżo po instalacji WinSCP nasza lista połączeń jest najprawdopodobniej pusta. Nowe połączenie tworzymy klikając przycisk New (Nowe) i podając wszystkie niezbędne dane czyli Host (adres serwera FTP) , Port (dla protokołu FTP będzie to najczęściej 21, Login (nazwa użytkownika), Hasło. Aby teraz skutecznie połączyć się z serwerem FTP wystarczy dwukrotnie kliknąć w nazwę połączenia. Program WinSCP przeprowadzi za nas proces negocjacji połączenia i korzystając z loginu i hasła uwierzytelni nas na serwerze. Jeśli wszystko przebiegnie prawidłowo, wyświetli się to główny ekran WinSCP. Podzielony jest na dwa obszary. Obszar po lewej zawiera wylistowane pliki znajdujące się na dysku naszego PC. Ekran po prawej zawiera listing plików z serwera FTP. Przenoszenie plików z dysku na serwer FTP (wgrywanie pliku na serwer) oraz z serwera FTP na lokalny dysk (pobieranie pliku z serwera) odbywa się przy pomocy prostego mechanizmu przeciągnij i upuść. Więcej info na forum komputerowe pliki.pl