Aplikacja posiada możliwość skutecznego usuwania potencjalnie niechcianego oprogramowania (PUP). AdwCleaner pozwala również pozbyć się komponentów takich jak niepożądane paski narzędziowe (toolbary) czy elementów wyświetlających reklamy (adware). Często podczas instalacji różnych programów niejako ”przy okazji” instalowane są dodatkowe elementy, bez naszej zgody. Może zdarzyć się, że będą one zawierały złośliwy kod. W wielu przypadkach, moduły reklamowe, szpiegowskie, czy też toolbary nie są łątwe do samodzielnego usunięcia. AdwCleaner pomaga je zlokalizować i usunąć. Aplikacja prezentuje wyniki w formie dokumentu tekstowego. Użytkownik może sprawdzić, które pliki oraz wpisy w rejestrze zostały zakwalifikowane do usunięcia. Wystarczy jedno kliknięcie, by pozbyć się niepożądanych i szkodliwych plików z komputera.
Warto zaznaczyć, że proces usuwania niechcianego oprogramowania zakończony jest restartem systemu – przed jego rozpoczęciem należy zamknąć działające aplikacje i zapisać efekty swojej pracy.